El museo cuenta con 12 salas de exposición permanente que presentan la trayectoria histórica del país, desde la Conquista hasta la Revolución Mexicana; y 22 salas en el área conocida como Alcázar, en las que se recrean las habitaciones de Maximiliano y Carlota y del presidente Porfirio Díaz, además de una sala que recuerda el asalto al Castillo de Chapultepec.